Eine Mikrophthalmie geht häufig auch mit einem Kolobom einher und ist in der Regel genetisch bedingt. Man geht von einer Verbindung der Erkrankung zu Vitamin-A-Mangel der Mutter, fetalem Alkoholkosnum, Strahlenexposition und Infektion während der Schwangerschaft aus.
Zudem kann Mikrophthalmie auch als Symptom von verschiedenen Syndromen auftreten.